La obra estaría unida a la costa por un puente de 122 metros de longitud con cuatro carriles de circulación y aceras laterales para el tránsito peatonal. El plan afectará a los núcleos costeros de Alcalá, la playa de San Juan y la carretera TF-47, en el suroeste de Tenerife. Sin embargo, se han detectado varias irregularidades. La más grave es el hecho de que se diseñase el proyecto sin que hubiese un plan territorial previo, por lo que no se ha cumplido el procedimiento legal establecido.

Desde la plataforma Salvar Fonsalía y Ecologistas en Acción hacen un llamamiento a la ciudadanía recogiendo firmas para detener el proyecto. Alegan que la realización del puerto es un «atentado medioambiental» puesto que se encuentra ubicado en medio de la Zona de Especial Conservación (ZEC) Franja Marina Teno-Rasca, un área que pertenece a la Red Natura 2000. Este entorno protegido cuenta con 69 489 hectáreas que pretende asegurar la supervivencia de las especies y los hábitats naturales, contribuyendo a detener la pérdida de la biodiversidad. La puesta en marcha de un proyecto de tales magnitudes produciría graves impactos directos e indirectos en la vida marina.

La zona cuenta con una de las pocas poblaciones residentes de calderón tropical del Mundo, de delfines mulares y otras veinte  especies de cetáceos, tortugas verdes y tortugas bobas, aves marinas protegidas, praderas submarinas, tiburones y calamares gigantes, entre muchas otras. Por esto, según las organizaciones ecologistas, el tráfico que provocará el puerto de Fonsalía podría generar daños y muertes a estas especies debido a las frecuentes colisiones, así como el estrés que produce por la contaminación acústica y los constantes vertidos contaminantes.