El Ranking Mundial de Universidades, en el apartado referido a metodología utilizada para la realización de la clasificación, indica que publica el único ranking de universidades global que mide la calidad de la educación de los estudiantes, así como el prestigio de los miembros de la institución y la calidad de su investigación a partir de información no sustentada en cuestionarios y datos enviados directamente por las propias universidades.

CWUR edita su ranking desde el año 2012, comenzando como un proyecto que incluía a las cien mejores universidades, extendiéndose en los años siguientes hasta alcanzar la dimensión actual de medida de las primeras 2000 instituciones a nivel mundial.

El ranking es elaborado desde el Laboratorio de Cibermetría, perteneciente al Instituto de Políticas y Bienes Públicos del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), con el objetivo de promover la presencia en la web de las instituciones académicas, y dando soporte a las iniciativas de acceso abierto que incrementan significativamente la transferencia de conocimiento científico y cultural hacia la sociedad.

Para su construcción, se evalúan cuatro indicadores de cada una de las instituciones analizadas. El primero de ellos tiene que ver con la presencia, para el que se estudia el número de páginas incluidas bajo el dominio y subdominios de la institución y que utiliza Google como fuente de información y representa un 5 % del peso total de la valoración. Otro de los indicadores es la visibilidad, que hace referencia al número de portales externos que tienen enlaces hacia las páginas de la institución, utilizando como fuente de información la media de lo proporcionado por Ahrefs y Majestic. Es el indicador de mayor peso y representa un 50 % del total.

Esta clasificación también mide la transparencia, calculada como el número de citas de autores Top de acuerdo al portal Google Scholar, lo que supone el 10 % de la puntuación. Igualmente, se analiza la excelencia, medida por el número de artículos publicados que se encuentran entre el 10 % más citados en 26 disciplinas en un periodo de cinco años comprendido entre 2012 y 2016, y correspondiéndole el 35 % restante de la valoración.