En esta entrega, un alumno de secundaria y sus amigos obtienen unos misteriosos poderes llamados Personas y deciden convertirse en justicieros enmascarados, también conocidos como Ladrones Fantasma. Su objetivo es robar los deseos corruptos de los corazones de los adultos y ayudar a las personas que lo necesitan.

The Phantom X tendrá lugar en Tokio, por lo que podremos ver a varios personajes del Persona 5 original, como Munehisa Iwai, Tae Takemi o los primeros Ladrones Fantasma. El título mantendrá uno de los elementos característicos de la saga, dándole al usuario la posibilidad de gestionar el horario del personaje protagonista, pudiendo elegir entre diversas actividades para cada día. Visitar mazmorras, ir de pesca o profundizar en historias de personajes secundarios son algunas de las tareas que se pueden realizar.

El desarrollo de Persona 5: The Phantom X fue supervisado por Sega y por el P-Studio de Atlus, ambos responsables de la producción de los anteriores juegos de Persona. Además, Shigenori Soejima, quien trabajó como diseñador de personajes en otras entregas de la saga, se encargó de crear la apariencia de los personajes para este título.