Cada nivel cuenta con su propia Flor Maravilla y a medida que su poder se extiende por el mundo de Florian, empiezan a suceder todo tipo de cosas extravagantes y novedosas. Al recogerla, podrá ocurrir de todo: las tuberías se moverán por sí solas, el terreno se inclinará, aparecerán Hipobótamos dando botes, una manada de Embistontes saldrá en estampida, caerás al vacío o flotarás por el espacio exterior. Hasta puede que te transformes en algo totalmente inesperado.

Las Flores Maravilla se encuentran ocultas en los niveles y podrás buscarlas con cualquiera de los doce personajes disponibles, el mayor numero hasta la fecha en un juego de Super Mario. Entre ellos están los tradicionales como Luigi, Peach, Daisy y Toad, que se controlan de la misma manera. Además de todos los tipos de Yoshi, quienes no reciben ningún daño. Y como nueva incorporación aparece Caco Gazapo, a quien tampoco le afectan los ataques pero puede caer al vacío.

En cuanto a los poderes, se hallan los clásicos como el superchampiñón y la flor de fuego. Pero además cuenta con tres nuevas transformaciones: elefanzana, un elefante que usara su trompa para destruir, atacar e incluso almacenar agua; flor burbuja, con la que se puede atrapar a los adversarios o usar de plataforma para llegar a lugares de difícil acceso; y el champitaladro, con el que se podrá acabar con rivales espinosos. Una vez más, la misión de nuestros amigos del Reino Champiñon será pararle los pies a Bowser Castillo y salvar el reino del Príncipe Florian.